Sono ben 13 i siti marini della Toscana, 11 ZSC (Zone Speciali di Conservazione) e i SIC “Tutela del Tursiops Truncatus” (il più grande sito nel Mediterraneo per la protezione del delfino) e "Calafuria - area terrestre e marina.
10 Sic marini, per una superficie totale di circa 9.500 ettari, sono stati designati con deliberazione del Consiglio Regionale 35 del 6 giugno 2011, frutto di un percorso di concertazione e di verifiche tecnico-scientifiche realizzate con il supporto della Consulta tecnica per le aree protette e la biodiversità.
In particolare, le proposte formulate dalla Società Italiana di Biologia Marina (SIBM), incaricata dal Ministero dell’Ambiente, sono state oggetto di incontri tra Regione, rappresentanti delle amministrazioni provinciali di Livorno e di Grosseto ed enti parco competenti (Parco regionale della Maremma, Parco regionale San Rossore, Parco Nazionale Arcipelago Toscano). Si tratta di un'area importante per la distribuzione dei cetacei, già inclusa per intero nel Santuario Pelagos (istituita con legge 11 ottobre 2001, n. 391) e nell'Osservatorio Toscano dei Cetacei che comprende le seguenti Zsc:
- Isola di Giannutri (area a mare già designata ZPS con DGR 109/2007) - codice Natura 2000 IT51A0024;
- Scoglio dell'Argentarola - codice Natura 2000 IT51A0038;
- Estuario dell'Ombrone - quale ampliamento a mare del SIC - ZPS denominato "Padule della Trappola, Bocca d'Ombrone"codice Natura 2000 IT51A0039;
- Secche della Meloria (area coincidente con quella della zona C dell'omonima Area Marina Protetta) codice Natura 2000 IT5160018;
- Isola di Gorgona (area a mare già designata ZPS con DGR 109/2007) - codice Natura 2000 IT5160002;
- Isola di Capraia (area a mare già designata ZPS con DGR 109/2007) - codice Natura 2000 IT5160006;
- Isola di Pianosa (area a mare già designata ZPS con DGR 109/2007) - codice Natura 2000 IT5160013;
- Isola di Montecristo e Formica di Montecristo (area a mare già designata ZPS con DGR 109/2007) - codice Natura 2000 IT5160014;
- Scoglietto di Portoferraio - codice Natura 2000 IT5160019;
- Scarpata continentale dell'Arcipelago Toscano - codice Natura 2000 IT5160020.+
In particolare, le aree relative alle isole di Giannutri, Gorgona, Capraia, Pianosa e Montecristo corrispondono alle zone di tutela a mare già previste dalla pianificazione vigente del Parco Nazionale Arcipelago Toscano. Tale sovrapposizione tra i due sistemi di tutela (Rete Natura 2000 e Area protetta) contribuisce di fatto a garantire una maggiore protezione delle specie e degli ecosistemi che caratterizzano l'area di competenza dell'Osservatorio Toscano dei Cetacei e di parte di quella del Santuario internazionale Pelagos.
A completamento della Rete Natura 2000 a mare con la Deliberazione del Consiglio Regionale 27 del 26 aprile 2017 è stata designato il sito “Fondali tra le foci del Fiume Chiarone e Fiume Fiora”, condiviso con la Regione Lazio successivamente divenuto ZSC con DM del 3 febbraio 2021.
Infine, è stato ufficialmente istituito, con Deliberazione del Consiglio Regionale 2 del 14 gennaio 2020, il nuovo Sito di Importanza Comunitaria (SIC) a mare dedicato ai delfini e denominato “Tutela del Tursiops Truncatus” (codice Natura 2000 IT5160021). Si tratta di un’area di ben 3.740 chilometri quadrati già inclusa nell'Aspim (area marina specialmente protetta) denominata “Santuario Pelagos”.
Il percorso di approvazione del SIC è stato realizzato di concerto con la Capitaneria di Porto di Viareggio, il Comune di Viareggio, il Parco nazionale dell'Arcipelago toscano, Arpat e l’Università di Siena. È questo un ulteriore passo avanti nella direzione della salvaguardia della biodiversità, per la tutela dei cetacei, delle tartarughe marine e più in generale dell'ecosistema marino.
E'stato istituito con Deliberazione del Consiglio Regionale 30 del 26 maggio 2020, anche il nuovo Sito di Importanza Comunitaria (SIC) denominato “Calafuria - area terrestre e marina” per la tutela di biocenosi coralligene di interesse conservazionistico.
Le perimetrazioni di tali siti sono consultabili sul portale GEOscopio della Regione Toscana e scaricabili in formato shapefile nella sezione Cartoteca.
I perimetri relativi ai siti Natura 2000 (SIC e ZPS) trasmessi dal Ministero dell'Ambiente e della Tutela del Territorio e del Mare alla CE quali perimetrazioni ufficiali sono consultabili sul sito del Ministero dell'Ambiente e della Tutela del Territorio e del Mare.
Le caratteristiche ecologiche di ciascuno dei siti Natura 2000 sono riportate in specifiche schede Natura 2000 (cosiddetti formulari Standard Natura 2000) consultabili e scaricabili sul sito del Ministero della Tansizione Ecologica (ex Ministero dell'Ambiente e della Tutela del Territorio e del Mare).
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