La produzione di alimenti di origine animale è controllata sotto tre profili fondamentali:

Igiene degli allevamenti e delle produzioni zootecniche
Sanità animale
Igiene degli alimenti di origine animale

Igiene degli allevamenti e delle produzioni zootecniche

Si programmano e coordinano gli interventi di sorveglianza, vigilanza e controllo sulla filiera produttiva degli alimenti di origine animale, dall'alimentazione degli animali fino alla tavola del consumatore.
Ciò comprende anche la predisposizione di programmi di vigilanza nei mangimifici, di programmi regionali per la ricerca dei residui di farmaci, ormoni ed inquinanti nei mangimi, negli animali e nei prodotti derivati destinati al consumo umano.

Sanità animale

La salubrità degli allevamenti è condizione irrinunciabile per ottenere cibi sani.
A questo scopo sono realizzati monitoraggi su programmazione regionale anche finalizzati all'eradicazione di malattie infettive.
Attulmente i progetti interessano:

• Blue tongue - malattia dalla lingua blu delle percore
• Scrapie - malattia neurodegenerativa, della famiglia delle encefalopatie animali trasmissibili (TSE), che colpisce gli ovini ed i caprini. La Scrapie è inserita dal 1991 tra le malattie a carattere infettivo e diffusivo soggette a denuncia obbligatoria.

Igiene degli alimenti di origine animali

Il controllo e le attività di prevenzione sono rivolti agli impianti produttivi di alimenti e prodotti di origine animale.
E in questa fase, inoltre, che vengono gestite le allerte sanitarie relative agli alimenti di origine animale non conformi.

L'attività di rilascio dell'autorizzazione sanitaria e dei riconoscimenti comunitari è stata trasferita dalla Regione ai Comuni:

• procedure per il rilascio dell'autorizzazione sanitaria
• procedure per l'autorizzazione degli impianti di raccolta e smaltimento dei rifiuti di origine animale
• riconoscimento e registrazione degli stabilimenti e degli intermediari  che operano nell'ambito  dell'alimentazione animale