L'area delle Colline Metallifere è stata fin dai tempi degli Etruschi teatro di attività minerarie. Con gli anni novanta l'attività mineraria è cessata, ma sul territorio sono rimaste vaste aree che necessitano di interventi di messa in sicurezza mineraria e di bonifica ambientale.

Dopo un lungo periodo di tensioni e trattative la Regione Toscana e gli enti locali hanno firmato un Accordo con l'azienda privata titolare della concessioni minerarie (Syndial, del gruppo Eni). Sulla base dell'accordo, firmato nel marzo del 2009, sarà possibile andare avanti con il risanamento del territorio previsto dal Piano provinciale delle bonifiche di Grosseto e Syndial farà la propria parte sostenendo le spese di bonifica anche relativamente a quei siti per i quali in passato c'erano stati contrasti e ricorsi.

L'Accordo per la bonifica delle Colline metallifere e dell'area di Scarlino traccia un quadro preciso di come e quando si interverrà per la bonifica e per la messa in sicurezza mineraria di numerosi siti ex minerari distribuiti tra le Colline metallifere e la Piana di Scarlino.
In particolare:

- 35 siti inquinati: discariche minerarie, roste, bacini di decantazione dei fanghi minerari, siti industriali, tutti già compresi nel Piano regionale e provinciale delle bonifiche;

- 4 concessioni minerarie ancora attive (per le quali Syndial ha presentato alla Regione istanza di rinuncia): Accesa Serrabottini, Fenice Capanne e Niccioleta nel Comune di Massa Marittima, Gavorrano-Rigoloccio nel Comune di Gavorrano;

- 3 gallerie di scolo di acque di miniera: Niccioleta, Fenice-Accesa, Ballarino.


Per alcuni di questi siti i lavori di bonifica sono già conclusi ed è in corso il monitoraggio post operam, altri sono in fase di esecuzione.
Tra gli interventi più significativi c'è la messa in sicurezza mineraria e la bonifica ambientale dei bacini di decantazione dei fanghi minerari presenti nelle concessioni di Niccioleta, Fenice-Capanne e Gavorrano. Gli interventi consisteranno nel rinforzo statico degli argini di contenimento, nella realizzazione opere di impermeabilizzazione, regimazione delle acque superficiali e rinaturalizzazione. Sarà previsto il trattamento delle acque che eventualmente usciranno dagli argini drenanti.

Una parte importante dell'Accordo è quella che affronta il problema delle acque di miniera, una questione delicata e problematica sulla quale non esiste una specifica normativa comunitaria e nazionale. Gli enti locali toscani su questo punto si sono dovuti muovere come 'pionieri' ed hanno deciso di inserire nell'Accordo la realizzazione di due studi relativi alle acque che fuoriescono dalle gallerie di scolo:

- il primo sarà uno studio di caratterizzazione ambientale, servirà per definire con chiarezza la realtà geologica ed idrogeologica dell'area e sarà seguito dalla presentazione da parte di Syndial di proposte per il riuso delle acque di miniera (prima o dopo l'eventuale trattamento di depurazione);

- il secondo si concentrerà sulle acque che fuoriescono dalla miniera di Gavorrano, per capire se hanno le caratteristiche fisiche e sanitarie necessarie per l'uso termale.

Le proposte per il riutilizzo delle acque di miniera interesseranno anche l'area Merse-Campiano. Questo elemento lega e rende dipendenti l'uno dall'altro l'Accordo per la bonifica delle Colline metallifere con quello per la bonifica dell'area del fiume Merse.

Nel corso del 2009 hanno trovato una felice conclusione anche due delicate ed annose questioni: quella della bonifica del fiume Merse e quella legate al ripristino ambientale dell'area delle Colline metallifere e Scarlino, in Maremma.
Con l'Accordo per la bonifica dell'area delle Colline metallifere e di Scarlini sono state stabilite procedure, tempi e responsabilità per la bonifica di 35 siti inquinati (discariche minerarie, roste, bacini di decantazione dei fanghi minerari, siti industriali) e tre 3 gallerie di scolo di acque di miniera.
Tra gli interventi più significativi la messa in sicurezza mineraria e la bonifica ambientale dei bacini di decantazione dei fanghi minerari presenti nelle concessioni di Niccioleta, Fenice-Capanne e Gavorrano.

L'Accordo per la bonifica del fiume Merse, invece, ha posto fine ad una controversia aperta dal 2001, cioè da quando acque della ex miniera di Campiano iniziarono a fluire nel Merse, inquinandolo. Iniziò allora una lunga vicenda giudiziaria che vedeva contrapposte le pubbliche amministrazioni e l'azienda Syndial, titolare della concessione mineraria.
In base all'Accordo firmato a marzo del 2009, Syndial si è impegnata ad eseguire i lavori di bonifica previsti dal progetto del Commissario straordinario per il Merse e a risarcire gli enti locali di tutte le spese sostenute per la messa in sicurezza d'emergenza e la bonifica dell'area del Merse, comprese le spese legali. I due Accordi prevedono interventi per oltre 150 milioni di euro e la realizzazione di importanti studi sulle acque di miniera.